Genetik İzleme ‘Barkod’ Yolu COVID-19’un Seyahat ve Evrimini Gösteriyor
Drexel Üniversitesi araştırmacıları, virüsün COVID-19’a neden olan mutasyona uğramış versiyonlarını hızlı bir şekilde tanımlamak ve etiketlemek için barkod tarzı bir yöntem bildirdiler. Koronavirüs testlerinden toplanan küresel bir genetik bilgi veritabanından bilgi kullanarak ön analizler yapıldı. Analizler Amerika’da virüs bulaşan insanların en az altı ila 10 farklı versiyonunun bulunduğunu işaret ediyor. Bunların bazıları ya aynı ya da daha farklı olduğunu gösteriyor.
Genetik analiz aracı, bakteri karışımının anlık görüntüsünü almak için genetik örnekleri ayrıştırmanın bir yolu olarak geliştirildi. İlk olarak, bu araç genetik bilgi hacimlerinden kalıplar çıkarır. Bir virüsün genetik olarak değişip değişmediğini belirleyebilir. Daha sonra bulguyu, bazı etiketler kullanarak küçük genetik farklılıklara sahip virüsleri kategorilere ayırmak için kullanabilirler.
Viral genetik verileri işlemek için aynı yöntemi uygulamak, COVID-19 nedeni olan yeni koronavirüs olan SARS-CoV-2’deki hafif genetik varyasyonları hızlı bir şekilde tespit edebilir ve kategorize edebilir; Bu etiketleri oluşturan genetik analiz aracı, GitHub’daki COVID-19 araştırmacıları tarafından halka açıktır.
Drexel’in Mühendislik Fakültesi’nde profesör olan Gail Rosen, “Asya ve Avrupa’dan yapılan testlerde gördüğümüz SARS-CoV-2 virüsleri, Amerika’da gördüğümüz türlerden farklı” dedi. Böylece aracın geliştirilmesine öncülük etti. “Varyasyonları tanımlamak, virüsün popülasyondan popülasyona giderken nasıl değiştiğini görmemizi sağlar. Ayrıca COVID-19’un izole edilmesinde sosyal mesafenin başarılı olduğu alanları da gösterebilir.”
Virüslere Barkod Basmak
Rosen, bağımsız bir araştırmacı ve fikri mülkiyet avukatı olan doktora öğrencisi Zhengqiao Zhao ve Bahrad A. Sokhansani’nin de aralarında bulunduğu odaklanmış bir ekip tarafından geliştirilen ISM aracı özellikle yararlıdır. virüs mutasyonlarını tanımlamak için kullanılıyor. SARS-CoV-2 söz konusu olduğunda, virüsün 30.000 baz uzunluğundaki genetik kodunun 17 baz uzunluğunda bir alt tip etiketine indirgenmesi anlamına gelir.
Rosen, “Bu, tam ürün kod numarasını girmek yerine bir barkod taramanın karşılığıdır.” dedi. “Ve şimdi, hepimiz bakkalda hızlıca barkod okutmaya çalışıyoruz. Bilim adamları için bu, daha yüksek seviyeli analize çok daha hızlı geçebilmek anlamına geliyor. Örneğin, hangi virüs sürümlerini incelemek daha hızlı bir süreç olabilir ya da halk sağlığı yetkilileri yeni vakaların yerel aktarımdan mı yoksa ABD’nin diğer bölgelerinden mi yoksa dünyanın bir kısmından mı geleceğini izleyebilir. “
Bu genetik farklılıklar yeni bir virüs suşunu tanımlamak için yeterli olmasa da, Rosen’in grubu, bulundukları yerde ve bu alanlarda ne kadar yaygın olduklarını yararlı olacak kadar ayrıntılı olan bu genetik açıdan önemli “alt türlerin” anlaşılmasını önerir.
Bazı COVID-19 Ön Analizleri ve Araştırmacıların Açıklamaları
Rosen, “Bu, COVID-19’un dünyadaki her bölgeden çok özel bir parmak izini görmemizi ve nasıl farklı olduğunu görmek için daha küçük bölgelere yakından bakmamızı sağlıyor.” dedi. “Dünyanın her yerinden kamuya açık verileri kullanan ön analizimiz, New York’ta bulunan virüs alt tiplerinin kombinasyonunu en çok Avusturya, Fransa ve Orta Avrupa’da bulunanlara benziyor. Ancak İtalya’dakine değil. Burada pandemide erken tespit edilen çok fazla yayılmadı, bunun yerine Amerika’da sadece Washington eyaletinde ve batı kıyısında en yaygın olan yeni bir alt tip görüyoruz. “
Bilim insanlarına virüsün nasıl değiştiğini ve yayıldığını anlamalarına yardımcı olmanın yanı sıra, bu yöntem genetik kodunun mutasyonlara karşı dirençli olduğu görülen kısmını da ortaya çıkarabilir. Bu virüsle mücadele tedavileri tarafından kullanılabilecek bir keşif.
Rosen, “Virüsün mutasyon geçirmeyen iki parçasının sağlıklı hücrelere girmesinden ve RNA’sını paketlemesinden sorumlu olanlar olduğunu görüyoruz.” Dedi. “Bunların her ikisi de vücudun bağışıklık tepkisini anlamak, antiviral terapötikleri tanımlamak ve aşı tasarlamak için önemli hedeflerdir.”
